一、关于工资套改时套改年限的计算问题
1.计算套改年限时的工作年限，是指从本人工作当年起根据实际工作时间按年度累加计算至2006年的年限(只适用这次工资制度改革)。例如，1996年参加工作的人员，如实际工作时间没有间断，截至2006年的工作年限为11年。
2.折算的工龄不计算为套改年限。
3.出国(境)留学并在国(境)外取得国家教育行政主管部门认可的大专以上学历人员，其未计算工龄的国(境)外学习时间可合并计算为套改年限。实际学习时间短于国家规定的相同学历层次学制时间的，按实际学习年限计算；长于国家规定的相同学历层次学制时间的，按国家规定的学制计算。
二、关于工资套改时任职年限的计算问题
(一)公务员工资套改时任职年限的计算
1.公务员工资套改时的任职年限，是指从正式任命职务当年起根据实际任职时间按年度累加计算至2006年的年限(只适用这次工资制度改革)。例如，1996年任职的人员，如实际任职时间没有间断，截至2006年的任职年限为11年。
2.公务员在同一职务层次担任领导职务与非领导职务的时间，合并计算为同一职务层次的任职年限。
3.公务员现任职务低于原任职务的，其原任同级职务和较高职务的年限合并计算为现任职务的任职年限。
(二)事业单位工作人员工资套改时任职年限的计算
1.事业单位工作人员工资套改时的任职年限，是指从正式聘用到现岗位当年起根据实际任职时间按年度累加计算至2006年的年限(只适用这次工资制度改革)。例如，1996年聘用的人员，如实际聘任时间没有间断，截至2006年的任职年限为11年。
2.事业单位工作人员工资套改时，受聘到十级职员岗位人员的任职年限，从执行办事员工资待遇的当年起计算；受聘到九级职员岗位人员的任职年限，从执行科员工资待遇的当年起计算；受聘到十三级专业技术岗位人员的任职年限，从执行员级工资待遇的当年起计算；受聘到技术工五级岗位人员的任职年限，从执行初级工工资待遇的当年起计算；
3.事业单位工作人员工资套改时，在相同等级岗位的任职年限可合并计算。例如，高校讲师到研究机构被聘为助理研究员，其讲师与助理研究员的任职年限可合并计算。
三、关于参照公务员法管理人员的工资套改问题
实施公务员法后列入参照公务员法管理范围的人员，根据任免机关按干部管理权限确定的职务，比照同等条件人员套改级别工资。具体办法由各省、自治区、直辖市人民政府制定。
四、关于调动人员工资确定问题
按照公务员调任的有关规定，人事业单位、企业调入机关的，根据调入后本人所任职务，结合本人实际情况，比照同等条件人员确定级别工资。从机关、企业调入事业单位的人员，根据所聘岗位，结合本人实际情况，比照同等条件人员确定薪级工资。具体办法由各省、自治区、直辖市人民政府制定。
五、关于浮动及固定工资的处理问题
这次工资收入分配制度改革后，国家规定的浮动及固定工资政策继续执行。在工资套改时，已经按国发［1983］68号、国发［1983］74号、国办法［1983］40号、国发［1984］77号、劳人薪［1985］41号、劳人薪［1986］100号、劳人薪［1986］105号、人薪函［1992］7号等文件规定固定晋升工资档次的人员，公务员可适当高定级别工资档次，最多不超过两档；机关工人可适当高定岗位工资档次，最多不超过两档；事业单位工作人员可适当高定薪级工资，最多不超过两个薪级。
六、关于公务员所作职务低于规定的同等学历新录用公务员转正定级工资待遇对应职务层次的工资问题
公务员工资制度改革后，如公务员所任职务低于同等学历新录用公务员转正定级工资待遇对应职务层次的，可执行同等学历新录用公务员转正定级工资待遇。这只是人员工资待遇确定的办法，不作为确定职务的依据。在工资套改时，公务员所任职务低于同等学历新录用公务员转正定级工资待遇的工资套改办法，由各省、自治区、直辖市人民政府制定。
七、关于公务员在职取得国家承认的较高学历后的工资确定问题
公务员在职取得国家承认的较高学历后，如其基本工资低于相同学历新录用公务员转正定级工资待遇的，执行相同学历新录用公务员转正定级的工资待遇。
八、关于国务院直属副部级机构、部委管理的国家局和副省级城市机关的巡视员、副巡视员的工资套改问题
国务院直属副部级机构、部委管理的国家局和副省级城市机关的巡视员、副巡视员，职务工资分别执行厅局级副职非领导职务、县处级正职领导职务的职务工资标准；级别工资套分别按厅局级副职、县处级正职套改的基础上高定一个级别，级别工资就近就高套入相应的工资标准。
九、被授予省部级以上模范和先进工作者等荣誉称号的人员适当高定工资档次的问题
机关事业单位工作人员被授予省部级以上模范和先进工作者等荣誉称号，且1993年工资制度改革以来按国家规定高定了工资档次，仍保持荣誉的，可在本人套改工资的基础上适当高定工资档次或薪级工资，高定的工资原则上不得超过两个档次或两个。具体办法由各省、自治区、直辖市人民政府制定。
十、关于公务员由领导职务改任同一职务层次非领导职务后的工资待遇问题
对于由领导职务改任同一职务层次非领导职务的公务员，由任免机关按干部管理权限，根据实际情况明确其应执行的职务工资标准。
十一、关于工资套改后考核为基本称职(基本合格)的年度是否计算为正常晋升工资的考核年限问题
这次工资收入分配制度改革后，公务员考核为基本称职的年度，不能计算为正常晋升级别和级别工资档次的考核年限；事业单位工作人员考核为基本合格的年度，不能正常增加薪级工资。