司法实践中，技术合同效力的认定和处理存在一些特殊问题，有些问题还颇有争议。为此，《关于审理技术合同纠纷案件适用法律若干问题的解释》(以下简称《解释》)针对其中的一些特殊问题，作出了明确的解释和规定。
一、《解释》有关技术合同效力规定的精神
1.维护意思自治和交易安全
以尊重当事人“意愿”或者“自愿”为核心内容的意思自治原则，是合同法的基本原则之一。《解释》关于技术合同效力的有关规定，充分贯彻了意思自治的精神，对于凡能够维持其效力的合同，尽量按照当事人的意愿赋予其效力，对于能够弥补合同不足的情形就尽量弥补，能够拟制当事人意思的就予以拟制，尤其是不因形式上或者名义上的欠缺而简单地否定合同的效力，以此充分尊重和实现当事人的选择，并有效地维护交易安全。《解释》第七条、第八条、第二十二条第三款、第三十四条等均体现了这种精神。
2.维护技术市场的公平竞争
知识产权是一种垄断权，知识产权人很容易滥用其技术和知识上的优势地位，强迫交易对手实施一些非自愿的行为，从而妨碍交易技术流转的自由和公平竞争，妨碍技术创新和进步。因此，制止滥用知识产权的反竞争或者垄断行为，既是技术合同中的一个突出问题，又是反垄断的一项重要内容。Trips协定第40条对“合同许可中反竞争行为的控制”的规定，就是制止合同许可中滥用知识产权行为的一项重要国际努力。加入世贸组织以后，我国对外贸易和技术进出口的有关法律法规对于滥用技术类知识产权的反竞争行为作出了禁止性规定。《解释》显然是按照我国加入世贸组织以后的技术经济形势和Trips协定有关规定的精神，对合同法规定的导致技术合同无效的“非法垄断技术、妨碍技术进步”的涵义，作出了细化规定。这对于制止技术市场的反竞争行为，具有重要意义。
3.科学合理地平衡当事人的利益
认定技术合同的效力，特别是确定技术合同无效或者被撤销后的恢复原状方式，往往需要在坚持法律原则规定的同时，根据具体情况妥善平衡当事人的利益。特别是，既要制裁违法行为和补偿无过错方的损失，又要保护善意第三人的正当利益；既要坚持法律明文规定的原则和规则，又要公平合理地填补好实施细节。平衡当事人利益的重要价值取向，则是有利于鼓励科技创新、技术进步和科技成果的转化。《解释》第十一条、第十二条、第十三条等均体现了这种精神。
二、认定技术合同效力的几种特殊情形
1.无民事主体资格的科研组织订立的技术合同的效力
民事主体是具有民事权利能力的自然人、法人或者其他组织，而这些主体所具有的民事权利能力，就是所谓的民事主体资格。具有民事权利能力乃是自然人、法人或者其他组织依法享有权利承担义务的前提和基础。倘若不具有民事权利能力，或者说不具有民事主体资格，也就无从享有民事权利和承担民事义务，不具有订立合同的主体资格。正是根据这种推理，我国以前的民法理论通常认为，倘若合同主体不具有民事主体资格，其订立的合同无效。但是，无民事主体资格而订立合同的具体情况是复杂的，如此简单地认定此类合同的效力，有时不符合意思自治原则和不利于保护当事人正当权益，也不利于维护交易安全。
就技术合同而言，它涉及合同主体存在形式上的瑕疵，但以此认定合同无效却大可不必。较为常见的就是那些不具有民事主体资格的科研组织，如法人或者其他组织设立的从事技术研究开发、转让等活动的课题组、工作室等，以其自己的名义而不是以设立它的法人或者其他组织的名义订立技术合同的情形。这些科研组织虽然是以组织的名义订立合同，但该组织既不属于法人，亦不属于“其他组织”，即我国法律规定的“其他组织”是有特定涵义的，是指那些依法成立、能够以自己的名义对外从事民事活动的组织，但这些科研组织包括法人或者其他组织的内设职能部门及其单独或联合设立的科研组织，或科研人员自行设立的课题组。这些科研组织因不具有民事主体资格，订立的技术合同以前被认为是无效的。《解释》透过现象看本质，以确定形式背后的实际主体的方式处理其效力问题，即此类合同不因缔约主体名义上的瑕疵而妨碍其效力，除非另有导致其无效的情形。《解释》之所以如此规定，显然不是说合同主体有无民事主体资格都不影响合同的效力，实际上是不拘泥于合同主体的名义，而是“循名责实”，以名义背后的实际主体衡量合同的效力及其责任主体。据此，不具有民事主体资格的科研组织订立的技术合同，经法人或者其他组织授权或者认可的，视为法人或者其他组织订立的合同，合同主体和诉讼主体是法人或者其他组织，而不再是该科研组织；未经法人或者其他组织授权或者认可的，就不能视为法人或者其他组织的行为，只能是科研组织成员的个人行为，由该科研组织成员共同承担责任，但法人或者其他组织因该合同受益的，应当在其受益范围内承担相应责任。“授权”的形式是多样的，包括签发授权书、章程或者其他文件中的授权条款及其他授权方式；“认可”则主要是事后追认。
2.审批、行政许可与技术合同的效力
一般地说，审批乃是主管机关根据公民、法人或者其他组织的申请，经审查准予其从事特定活动的行为。审批与行政许可的关系是属种关系，即行政许可是审批的一种，但审批的外延广于行政许可，它还包括行政许可以外的审批。总体上说，技术市场主要是由市场调节的，从事技术开发、技术转让、技术咨询和技术服务通常不需要审批或者许可，但在特殊情况下需要审批或者许可，或者在相关环节涉及许可。技术合同涉及审批或许可的情形至少有以下三种：一是法律、行政法规规定技术合同须经审批或者许可后生效，如某些特殊技术的转让须经批准或者许可；二是依照技术合同生产的产品或者提供的服务(或者技术合同涉及的产品或服务)须经审批或许可，如按照技术开发合同生产的特殊产品须经审批的情形；三是依据技术合同生产的产品或提供的服务(或者技术合同涉及的产品或服务)须经审批或许可，而以获得批准或者许可作为合同生效的条件。认定技术合同的效力时，应当区分不同情况。
在第一种情形下，应当按照合同法第四十四条第二款的规定衡量和认定技术合同的效力，即法律、行政法规规定应当办理批准、登记等手续后生效的技术合同而未经批准的，倘若合同尚未履行，应当认定为不生效；已经履行或者部分履行的，应当认定其无效。例如，《技术进出口管理条例》第十条规定：“属于限制进口的技术，实行许可证管理；未经许可，不得进口。”进口此类技术的技术合同属于应当经许可的合同，未经许可即违反行政法规的强制性规定，构成不生效或无效。相反，自由进口技术的登记管理程序，不影响合同的效力。当然，认定此类技术合同无效也只能以违反法律、行政法规的强制性规定为限。例如，按照行政许可法规定，法律、行政法规、地方性法规、地方政府规章、国务院决定均可以设定行政许可，倘若技术合同违反法律、行政法规以外的行政许可强制性规定，并不影响合同效力。
在第二种情形下，生产产品或者提供服务属于合同的履行问题，按照《解释》第八条的规定，未履行此类审批或许可，并不影响合同的效力，而只涉及合同的履行和违约责任。倘若当事人对办理审批或者许可的义务没有约定或者约定不明确的，应当判令由实施技术的一方负责办理，但法律、行政法规另有规定的除外。
第三种情形下的技术合同属于附生效条件的合同，倘若审批或者许可的条件未能成就，该技术合同即不生效。未经审批或许可而实际履行的，应当认定为合同因履行行为而生效。
3.以欺诈手段订立的技术合同
《解释》第九条规定了两种欺诈情形，即当事人一方就其现有技术成果作为研究开发标的与他人订立委托开发合同收取研究开发费用，或者就同一研究开发课题先后与两个或者两个以上的委托人分别订立委托开发合同重复收取研究开发费用。在这些情况下，受损害方可以依照合同法第五十四条第二款请求变更或者撤销合同。当然，这里规定的仅是欺诈行为中的两种典型情形，实践中还可能有构成欺诈的其他情形。
三、技术合同无效或者被撤销的法律后果
技术合同无效或者被撤销的，应当按照合同法第五十八条之规定进行处理。当然，技术合同毕竟有其特殊性，《解释》就技术合同无效或者被撤销的法律后果的几种特殊情况作出了规定。
1.损失赔偿问题
根据合同法第五十八条之规定，因合同无效或被撤销而遭受损失的，按照过错原则确定当事人的赔偿责任。但是，因合同性质或情况的不同，损失的确定往往各不相同。技术合同被确认朝鲜族或被撤销之后，除按照一般规则确定损失赔偿外，《解释》第十一条还明确了一种特殊情况，即技术合同无效或者被撤销后，技术开发合同研究开发人、技术转让合同让与人、技术咨询合同和技术服务合同的受托人已经履行或者部分履行了约定的义务，并且造成合同无效或者被撤销的过错在对方的，对其已履行部分应当收取的研究开发经费、技术使用费、提供咨询服务的报酬，可以认定为因对方原因导致合同无效或者被撤销给其造成的损失。
2.后续改进技术成果的归属
已经全部或部分履行而产生技术成果的技术合同，在其无效或者被撤销后，如何确定其权利归属和利益分享，这在《解释》起草过程中是一个争议较大的问题。一种意见认为，如果当事人不能达成协议，成果应当归属于完成人，因为这些技术成果多为阶段性技术成果，其实施还需要依赖技术成果完成人的后续开发以及提供技术支持或者技术服务，归于完成人有利于实现技术价值，而且也符合知识产权权利归属的一般确定原则，并易于操作。另一种意见认为，不能一概而论，应当根据具体案情作出具体判断，即原则上可以归于完成人，但根据公平原则，由对方当事人享有或者双方共享更。
在考虑上述意见的基础上，《解释》第十一条第二款规定，技术合同无效或者被撤销后，因履行合同所完成新的技术成果或者在他人技术成果基础上完成后续改进技术成果的权利归属和利益分享，当事人不能重新协议确定的，人民法院可以判决由完成技术成果的一方享有。当然，这里使用的是“可以判归”而不是“应当判归”，是指在一般情况下应当如此决定成果归属，但确有特殊情况需要另行判决的，可以作出更为合理的判决。
3.对善意第三人的保护
《解释》第十二条规定：“侵害他人技术秘密的技术合同被确认无效后，除法律、行政法规另有规定的以外，善意取得该技术秘密的一方当事人可以在其取得时的范围内继续使用该技术秘密，但应当向权利人支付合理的使用费并承担保密义务。”就该规定涉及的内容，原技术合同法实施条例并无“善意”的要求；以前的司法解释仅增加了“善意”的条件，并未限定“可以在取得时的范围内继续使用”；《解释》则完善了侵害技术秘密的技术合同无效后的法律后果，在制裁侵权行为、保护技术秘密权利人合法利益的同时，注意与善意使用人正当权益的利益平衡。可见，司法解释对侵犯技术秘密的合同中善意第三人使用权的规定是一个由宽到严、逐渐细化的过程，这反映了对技术秘密从作为债权保护对象到作为知识产权保护对象的认识变化。