已有学者断言“TRIPS所包含的知识产权措施与国际人权法是冲突的”，实践中这一冲突已导致对创作者权益保护不完整、对人类传统文化保护缺失、对公共利益和人类健康保护不利以及对发展中国家利益考量不充分的结果。这是后TRIPS时代国际社会关注的新问题。中南财经政法大学校长吴汉东教授通过对著作权与表现自由权、著作权与隐私权、专利权与健康权、专利权与环境权等4对权利的权利范畴的研究，探讨了现代知识产权法与国际人权法之间的关系，提出以“法益化先保护”原则处理权利冲突、以“利益衡平”原则进行权利协调的思想。
世界贸易组织（WTO）的《与贸易有关的知识产权协议》（以下简称TRIPS）明确界定了知识产权的本质属性，以私权的名义强调了知识财产私有的法律形式。承认知识产权为私权，意味着知识产权与其他有形财产所有权一样都处于同样的私权地位，从而在理论和制度上可以为知识产权提供可靠的法律保障。
提高知识产权保护的标准和水平，是知识经济条件下促进技术创新和文化创新的需要和必然结果。但是，知识财产私权化的扩张可能导致知识创造者的个人利益与知识利用者的公共利益之间的冲突。从制度层面而言，在知识产权法内部，即是权利的保护与限制的问题；在社会权利体系中，即是私权与人权的冲突及协调问题。早在1968年，国际人权会议发表的《德黑兰宣言》，对科学发现与技术发展可能危及个人权利和自由表示了忧虑和关注，这些科学技术正是知识产权保护的对象。
前任GATT／WTO法律顾问曾提出了“TRIPS协议没有参照人权法”的批评，他认为其根源在于“制定贸易政策的政治家宁愿选择避免人权对话从而使得政治化的贸易关系不具有民主色彩”。时至2000年，联合国经社理事会促进和保护人权大会作出专题报告，指出知识产权与人权之间有关“现实存在的或可能的冲突”，“TRIPS所包含的知识产权措施与国际人权法是冲突的”。
自进入后TRIPS时代，国际社会十分关注知识产权与基本人权的关系问题，并努力改革现有的国际知识产权保护制度，使之符合国际人权的标准。
冲突与交叉一：著作权与表现自由权
表现自由是世界各国普遍认可的宪法权利。美国宪法修正案有两个重要条款：一方面规定国会不得制定有关法律以剥夺人民言论出版自由以及其他自由权利；另一方面又授权国会制定著作权法，授予作者以一定时期享有独占垄断权利。加拿大《权利法案》规定了公民享有的两项宪法性权利：一是每个人都拥有自由参加社会文化生活的权利，以享受艺术和分享科学进步的利益，即公众的“参与权”；二是每个作者都有权维护其科学、文学及艺术作品所产生的精神利益和物质利益，即作者的著作权。
应该看到，表现自由权与著作权都体现了当代立宪精神。前者是一种政治权利，是宪法赋予每个公民的基本权利，它始于公民出生，是“生来权利”；后者是一种民事权利，是公民表达思想，行使表现自由等政治权利的必然产物。著作权并不为每个公民所实际享有，只有进行了创作活动并拥有作品的人才能取得著作权。所以说著作权是“后来权利”。上述两种权利有着密切的联系，但也存在着一定的冲突。这是因为，作为表现自由权所涉及的信息，包括消息、知识、资料、数据、观念、意见等，在著作权法中往往表现为享有独占权利的作品。
当两种法益发生冲突时，如何确定其优先保护的位阶？一般认为，表现自由在基本人权体系中占有突出重要的地位。相对于经济自由等权利，表现自由应当具有“优越地位”，即应看作是具有优先性的法价值。表现自由优于经济自由的原则在各国宪法理论与实践中都得到承认。这即是说，著作权的独占性质不应构成思想表现和信息交流的障碍。对此，美国学者认为：“著作权提供的保护可以对抗非法的竞争者，但不能阻碍公众对作品的合理使用”；“信息的公开传播非常重要，因此不能使自由之公益和民主社会屈从于传统著作权观念下的私人独占权。”在这种人权理念的指引下，各国著作权法都对作品的独占权利设定了必要限制，以保障表现自由权利的实现：一是保证个人学习、研究中的合理使用，为个人创作及发表思想提供必要的条件；二是保证评议、新闻报道中的合理使用，使社会公众通过传播渠道和媒体交流思想，获取信息和情报，以实现其知情权；三是保证科学研究、课堂教学、公共图书馆等文化科技活动中的合理使用，这对于寻求、接受、传递信息和思想，促进社会文化和科教事业的发展也是必不可少的。
冲突与交叉二：著作权与隐私权
隐私权是公民对其私人生活安宁与私人信息享有的不被非法侵扰、知悉、搜集、利用和公开的一种权利。它既是民法所规定的人格权，也是国际人权法所承认的基本人权。《世界人权宣言》第12条规定：“任何人的私生活、家庭、住宅和通信不得任意干涉。”《公民权利和政治权利国际公约》第17条规定：“任何人的私生活、家庭、住宅或通信不得加以任意或非法干涉。”关于隐私权保护的立法理由1973年联合国秘书长在题为《尊重个人隐私》的报告中作出了说明：“大量的侵犯隐私的行为妨碍了人们的自由，而且经常是有意的。”这些行为“使人们产生了一种普遍的不安全感，它压抑着人们，使人们丧失责任心，迫使人们由于恐惧而趋于同一。”与上述立法文件相似，学者将隐私权的内涵概括为三个方面：（1）基于宪法秘密通讯自由及其他于此一规定，而由法律加以保护之隐私利益；（2）基于安适生活之需要，为求不受干扰之隐私利益；（3）基于现代自动化资讯处理之发达与普遍，为控制关于自己之资料之隐私利益。”
自19世纪美国人沃伦和布兰代斯凭据私人信件法律保护提出隐私权这一概念以来，隐私权已从传统的“个人生活安宁不受干扰”的消极权利演变为现代的具有积极权利意义的“信息隐私权”、“资讯隐私权”。但与此同时，“社会不是在向着有利保护公民个人隐私的方向发展，相反，现代科技尤其是电子信息技术的发展以及大众传播媒介对市民生活深刻而广泛的影响，使得公民隐私权的保护变得更为迫切。”隐私道德基础的关键，是控制有关自己信息的权利，但是这一权利在数字技术进步的过程中正处于危险的境地。其主要原因是：在信息社会里，信息已经成为一种商品。诸如个人偏好、通讯记录、疾病记录、性格倾向、信用记录、违法记录、雇佣资料等可以进行数字化处理并存储到数据库中。上述信息如不进行有效控制，个人隐私就会在信息的商品化中变得透明。
信息商品化在知识产权领域即是数据库问题。各种信息经采集、整理、编制而制作成数据库，目前是按著作权法的规定作为汇编作品来保护的。国际版权界认为对数据库提供汇编作品保护是一种“弱保护”，因为任何人可以自由地使用原汇编作品的材料，用以制作与其竞争的数据库。在这种情况下，一些发达国家正努力构建数据库的特殊权利保护，也就是一种独立于著作权的专门权利制度，其目的在于保护数据库投资者的利益。“在著作权界注重数据库投资者与利用者之间利益协调的同时，我们不能忘记从人权角度考量数据库来源者（即被他人作为信息收集的数据主体）与所有者之间的权利冲突。概言之，这即是隐私权与著作权的冲突。解决这一问题的关键在于加强个人数据的法律保护，即扩充隐私权的内涵，赋予公民以信息控制权或资讯自决权。按照台湾学者的说法，资讯自决权是个人享有自行决定是否将其个人资料交付和供他人利用的权利。具言之，即是个人资料，收集之限制、资料之精确、查询及更正之权利、接受资料收集通知之权利及确知资料存在之权利，不仅应使其不受他人干扰，更在于对其所有之资料能加以控制与支配。总之，在创设数据库权利制度、促进信息产业发展的时候，立法者必须对于数据主体即隐私权主体的利益给予更多的关注。
冲突与交叉三：专利权与健康权
健康权是指有生命的主体依法享有健康的权利。它作为一项普遍接受的人权，得到众多国际人权公约的承认。1948年《世界人权宣言》第25条规定，人人有权享受为维护本人和家属的健康和福利所需的生活水准，包括食物、衣着、住房、医疗和必要的社会服务。i966年《经济、社会和文化权利国际公约》第12条承认人人有权享有能达到的最高标准的身体和心理健康，同时规定缔约国为充分实现这一权利而应采取的目标步骤：（1）减低死胎率和婴儿死亡率并使儿童得到健康的发育；（2）改善环境卫生和工业卫生的各个方面；（3）预防、治疗和控制传染病、职业病及其他疾病；（4）创造保证人人在患病时能得到医疗照顾的条件。
按照国际人权公约的人权标准，现今知识产权制度对健康权的实现已经带来消极影响。其主要表现是：第一，由于专利权的垄断性，权利持有人可以控制药品的生产和销售。专利药品的昂贵价格通常超出贫穷患者的承受限度，从而影响不发达国家的居民获得治疗；第二，由于专利实施的限制性条件，权利持有人可以阻止他人获得药品专利技术，甚至在其政府的支持下限制贫穷国家及其人民获得强制许可；第三，由于专利权的利益推动，制药业的研发投资首先投向市场上最有利润回报的疾病，而不会当然考虑贫穷国家的需求；第四，由于专利授予适用于具有新颖性但疗效与在先专利药品相似的产品，从而导致某类专利药品的生产和分配日益集中于少数企业之中。上述情况表明，新药品创造者的专利权与该药品消费者的健康权存在明显的冲突。联合国人权专家认为，这两种权利之任何一种在其自身的背景中都是有价值的。这是因为，创造者对自己的智力成果享有权利和社会公众分享智力创造所带来利益的权利，都是国际社会承认的基本人权。但是遵循人权优先性的尺度，在特定的情况下，某些人权可以优先于其他人权。具言之，“那些同人生死攸关的的产品一经产生，便成为全世界的财产，但创造者因而有权获得补偿。”在这种例外情形中，健康权应高于包括专利权在内的知识产权。
围绕着专利权与公共健康问题上的争端，在第三世界国家的力争下，世界贸易组织部长级会议于2001年11月在多哈通过了《关于知识产权协议与公众健康问题的宣言》。在多哈会议上，以南非为代表的发展中国家关于尊重人的生命权、健康权、维护公共利益的呼吁，得到发达国家在知识产权领域的善意回应。《多哈宣言》确认困扰许多发展中国家和最不发达国家遭受痛苦的公共健康问题的严重性；强调知识产权保护对于新药品开发的重要意义，也承认这种保护对价格的影响所产生的状态；同意TRIPS不应成为缔约方采取行动保护公众健康的障碍。维护公众健康的“行动”，是通过阐释TRIPS关于公共利益的灵活性条款来实现的：（1）缔约方有实施“强制许可”的权利，并且有权决定实施“强制许可”的理由；（2）缔约方有权认定何种情况构成“国家处于紧急状态或其他极端紧急的情况”，诸如艾滋病、疟疾等传染病造成的公众健康危机，即构成这种“紧急状态”；（3）缔约方有权在遵守最惠国待遇和国民待遇条款的前提下，构建自己的“权利用尽”制度；（4）发达国家应促进和鼓励其企业向最不发达国家转让技术。最不发达国家对于药品提供专利保护的时间可推迟到2016年。《多哈宣言》的诞生是国际知识产权领域发生的重大事件。宣言秉承公共利益原则，以人权优先性的尺度，协调药品专利权与健康权之间的冲突，这一做法无疑是后TRIPS时代对知识产权制度的重要调整。
冲突与交叉四：专利权与环境权
环境权是公民基于环境资源的利用而取得物质利益与精神利益的权利。公民环境权一开始就是作为基本人权提出来的。环境权是一项所谓的“第三代权利”和“集体权利”。关于权利的进化，西方学者把人权的发展分为三代：第一代为个人自由和公民权、参与权；第二代为社会、经济、文化权利，兼具个人权利和集体权利的性质；第三代为和平、发展、洁净的环境和分享人类共同遗产的权利。环境权作为一项人权已为许多国家的宪法和国际法文件所确认。1972年联合国《人类环境会议宣言》（斯德哥尔摩）第1条宣称：“人类有权在一种具有尊严和健康的环境中，享有自由、平等和富足的生活条件的基本权利，并且负有保护和改善这一代和将来世世代代的环境的庄严责任”。有关国际人权公约也规定了环境权的要素，如《世界人权宣言》第3条规定的“生命权”，第22条规定的“经济、社会及文化权利”，第25条规定的“适于健康及幸福的生活标准”等。
环境权作为一项基本人权，是由生存权发展而来的新型权利。其基本元素包括以下几个方面：（1）环境权的主体包括当代人和后代人；（2）环境权的对象是人类环境整体，它既包括天然的环境和人为环境要素，还包括各环境要素所构成的环境系统的功能和效应；（3）环境权的实施方式具有多样性，包括对环境资源的使用、主张国家对环境的保护、请求司法保护、参与环境管理等；（4）环境权是权利与义务的统一。
我们看到，国际环境法规定的原则并未融入到现代知识产权制度，或者说环境权与知识产权之间的协调尚有许多空白领域。就环境资源的知识产权保护而言，存在着两个问题：第一，对传统生态知识的权利认定。土著地区和地方社区所保存的传统生态知识与技术，使人类生存了数个世纪，它不仅维护了生物的多样性，并具有环境持续利用的价值，但是按照现今专利法的规定，传统生态知识与技术无法满足专利权授予的条件。传统生态知识是指在一国国土上，由其民族或种族集体创造、经世代相传、不断发展而形成的生态知识、经验和信仰的集合体，因而不能融入知识产权制度体系之中。1991年《人权与环境》报告认为，土著人民及其知识是环境保护的重要资源，他们的农业和文化习俗保护着生物多样性，而其社区又是环境掠夺的悲剧性受害者。国际社会注意到传统生态知识在知识产权制度中的缺位，1992年《生物多样性公约》承认对传统生态知识以权利保护，其第8条规定：“依照国家立法，尊重、保存和维持土著和地方社区体现传统生活方式而与生物多样性的保护和持续利用相关的知识创新和实践并促进其广泛应用，由此其知识、创新和实践的拥有者认可和参与下并鼓励公平地分享因利用此等知识、创新和做法而获得的惠益。”《生物多样性公约》从国际环境与资源保护的角度，触及到现代知识产权制度的缺失。因此，一方面要避免将专利权授予已公开的传统知识，损害培育这种知识的特定地区或社区居民的共同利益；另一方面又要制定专门的知识产权制度，给传统知识以特别保护。第二，对现代生物技术的权利限制。在现代生物技术中对人类造福最大且最具有潜在风险的是诸如克隆技术、胚胎移植技术、基因重组技术、DNA重组技术、细胞杂交技术等为代表的基因工程技术。当代生物技术，特别是转基因技术的大量使用，对经济发展带来很大的好处，同时也存在着影响生态环境的诸多隐患。首先是基因物质污染，转基因生物在自然界中释放，有可能污染自然基因库，打破原有生态平衡，从而影响环境质量；其次是基因生物损害，有的转基因生物或其产品涉及到食品安全问题，可能对人体健康产生不利影响；再次是基因技术滥用，克隆人或其器官技术的出现，人与物之间基因交换、移植技术的发明等，如不加以控制并保证其正当使用，将会危及人类社会秩序以及人类自身。
必须看到，现代生物技术正以基因专利的名义在一些发达国家得到保护。根据TRIPS的规定，只要不违反公众利益或社会公德，或不属于专利权的排除领域，所有技术领域的发明都可以申请专利。但是，各国专利制度不仅要遵照TRIPS来拟定，而且也要按照国际人权法与国际环境法的标准进行审视。这就是说，“环境权要求以环境不受损害为基本标准，这一标准不仅是其他权利所没有的，而且是对其他权利的限制。”总之，控制基因专利的授予范围、保证基因专利的正当使用，在不损害环境权利的基础上保护基因专利，这是各国立法者必须考虑的问题。
协调：法益优先 利益平衡
从著作权与表现自由权、著作权与隐私权、专利权与健康权、专利权与环境权四类权利基本范畴的分析，我们可以得出处理知识产权与基本人权关系的一般性结论。
一是关于权利的冲突，应奉行“法益优先保护”的原则。诸如表现自由权、隐私权、健康权、环境权都是国际公约承认的基本人权，上述权利或是人作为主体存在所不可欠缺的自由，或是人之生存与发展的必需条件。相对于知识产权这一财产权利而言，上述人权权利应当具有优越地位即应看作是具有优先性的法价值。实行“法益优先保护”原则，意味着现代知识产权制度不仅要符合国际知识产权公约的规定，而且不应与国际人权标准相冲突。立法者在为知识产权提供法律保护时，应符合其必须遵守的国际人权义务。
二是关于权利的协调，应实行“利益衡平”的原则。其实，知识产权与上述各种人权权利在本质上可以达到一致。就人权体系而言，知识产权本身也是一项人权，进而言之，包括知识产权在内的私人财产就是人权的基础性权利。这是我们实现权利协调的一个重要条件。“利益衡平”是民法精神和社会公德的要求，也是“人权思想和公共利益原则”的反映。它要求当事人之间、权利与义务主体之间、个人与社会之间的利益应当符合公平的价值理念。知识产权法所强调的利益衡平，实际上是同一定形式的权利限制、权利利用制度相联系。这就是说，出于公共利益目标，出于对基本人权的尊重，在一定情况下应对知识产权进行必要限制，以保证社会公众对于知识产品的合理利用。利用他人知识产品，或是基于表现自由的目的，或是基于公共健康的需求，或是基于人类生存或发展的必要，这些都是正当合理的，其本身也是国际人权公约所要求的。