研究院搭建了以科研线为主线，以智库线、数据库线、行政线为支撑的扁平化组织架构，下设收入分配与现代财政学科创新基地、田野实验研究中心、政策评估与决策支持研究中心、财政大数据研究中心和贫困研究中心等研究分支
